短程分子蒸餾器是在遠低于沸點的溫度下進行操作的：
短程分子蒸餾器在特定的溫度下運行其壓力越低所產生的氣體分子的平均自由的程度就會越大，分子蒸餾的蒸發空間的壓力低的時候其冷凝表面就會靠近蒸發的表面。從蒸發表面汽化的蒸汽分子，可以不和其它的分子進行碰撞，設備可以直接符合其冷凝表面而冷凝，設備中分子蒸餾是一種特定的液，不同于傳統的蒸餾依靠其沸點差來分離。
短程分子蒸餾器運行的過程中其液體混合物會沿著加熱板的流動被加熱，由于其輕重分子的自由程度不同，所以其不同物質的分子從液面逸出后移動距離不同。要是能恰當的設置在一塊冷凝板上，其輕分子符合冷凝板被冷凝排除，這樣重分子達不到冷凝板沿著混合排出，這樣可以在一些情況下實現其物質分離的目的。
短程分子蒸餾器得溫度越低其分子蒸餾是在遠低于沸點的溫度下進行操作，只要存在溫度差就可以 符合其分離的目的，這就是常規蒸餾和分子蒸餾的本質的區別。它的真空度比較高，其里面可以獲得比較高的真空度，通常情況下分子蒸餾在低的壓強下進行操作，所以物料是不易氧化受損的，物料受熱時間短，在蒸餾溫度下停留時間一般。
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